这样做并没有不合法。如果通过私人账户付款，对于开票的有效性没有影响，实际中有时候也有这样的操作。但是如无必要，保证三流合一是最稳妥的。
1. 三流一致的要求与实际中的情况
一般我们都说，要求三流一致，即保证货物流、资金流和发票流的一致性。但是，实际当中出现三流不一致的情形也并不少见。
比如，我们员工要出差去住宿酒店，那么有些单位是统一去预定，然后付款，有些单位是员工去付款，然后回来报销，也有些单位是先给员工备用金，然后员工回来报销，这样的情形都很普遍，而取得的单位抬头的发票，回来也可以正常地报销抵扣。
针对这一情况，国家税务总局2016年5月26日视频会政策问题解答也有说明：“现行政策在住宿费的进项税抵扣方面，从未作出过类似的限制性规定，纳税人无论通过私人账户还是对公账户支付住宿费，只要其购买的住宿服务符合现行规定，都可以抵扣进项税。而且，需要补充说明的是，不仅是住宿费，对纳税人购进的其他任何货物、服务，都没有因付款账户不同而对进项税抵扣作出限制性规定。” 因此，不存在说不合法的说法。
2. 如无必要，尽量选择最优
虽然这样的情况在实际当中是存在的，但是并不是说就主张这样的做法。对于一般的货款，还是尽量按照正常的途径来走为好。我们可以从以下几个方面来考虑：
（1） 避免产生异议
代付款一般也需要提供相应的凭证，授权代付文件、交易凭证、付款信息等。为避免后续产生歧义和纠纷，那么最好是在合同中就约定，后续照着执行。
（2） 从实际的角度出发
一般的个人都是不太愿意代付的，非要选择代付，这后面又有什么原因？是对方财务管理混乱，还是有什么风险？为避免这些问题，还是尽量选择规范的方式交易。
（3） 对内控的影响
对企业的内部控制来说，代付的情况多了，可能最后会出现财务管理的混乱。为了保持财务流程的规范，可以尽量采取三流一致的方式交易。
所以，从规范性的角度来说，如果没有特别的必要，还是尽量考虑三流一致的做法，这样不会引起后续的问题。如果确实需要进行代付的，那么也要注意相关的手续和资料留存。
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