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两者有很大区别，适用法律法规、补偿计算方式等方面都不一样，两者相差特别大，主要从以下几个方面：
1、法律法规的适用
城中村形成的原因，大多是城市在扩张时、04年之前农转非时遗留下的问题，即土地还是集体土地，但却在城市规划区内，甚至有些城中村地理位置十分优越，04年之后农转非被国土部门叫停，因为此种方法逾越了土地征收程序，各地操作十分混乱，所以，形成了城中村。再拆迁时，因为土地性质还是集体土地，所以，各个地方都是参照《国有土地上房屋征收与补偿条例》或适用当地的《集体土地上房屋拆迁管理办法》。
而棚户区改造，实际上是指城市房屋征收，必须按照《国有土地上房屋征收与补偿条例》的规定，进行征收。
2、补偿计算方式不同
按照两者适用的法律法规，棚户区改造则应该使用市场比较法来计算被征收房屋的补偿数额，而城中村拆迁则可能存在多种计算方法，通常是房屋重置成新价格（房屋建筑价格）来计算被拆迁房屋。
3、程序不同
棚户区按照征收程序，通常是入户调查、制定征收补偿方案、正式发布征收补偿方案、选取评估公司、征收公告、进行评估、协商、下发征收补偿决定、申请法院强拆等等，这其中还不包括预征收程序，程序十分复杂。
而城中村改造程序则与棚户区有很大的不同，譬如：补偿方案是否征求拆迁户的意见、选取评估公司的程序、是否存在裁决程序，行政机关强拆（一般不用申请法院强强拆）等等，相对而言，程序十分混乱。
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除了上述不同的情况外，无论是城中村改造还是棚户区改造，给予拆迁户的补偿价格一般都不是合理价格。还存在一些城中村的土地性质已经转变的情况下，还按照农村集体土地拆迁补偿，北京英淇律师事务所曾代理的一起案件就是如此，早在十年前就已经将集体土地变为国有土地，在拆迁时，却还以农村集体土地进行拆迁，所以，您如果遇到这两种拆迁方式，一定要多注意其中的法律法规适用、补偿是否合理等情形是否存在问题，建议您多咨询专业征收拆迁律师。
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